全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)(WGBS)可以在全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)所有單個(gè)胞嘧啶堿基(C堿基)的甲基化水平。能為基因組DNA甲基化時(shí)空特異性修飾的研究提供重要技術(shù)服務(wù),能廣泛應(yīng)用在個(gè)體發(fā)育、衰老和疾病等生命過(guò)程的機(jī)制研究中,也是各物種甲基化圖譜研究的優(yōu)選方法。可應(yīng)用于稀有樣本,如胚胎細(xì)胞、腫瘤干細(xì)胞等的全基因組甲基化研究。
全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)(WGBS)常規(guī)起始量WGBS:運(yùn)用約1微克的基因組DNA進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建和重亞硫酸鹽處理。可根據(jù)物種基因組大小和測(cè)序數(shù)據(jù)量增加構(gòu)建文庫(kù)的個(gè)數(shù),減少測(cè)序bias,確保甲基化檢測(cè)的準(zhǔn)確性。
數(shù)據(jù)解讀分析內(nèi)容
1.數(shù)據(jù)產(chǎn)出、過(guò)濾和質(zhì)控
。下機(jī)數(shù)據(jù)過(guò)濾和質(zhì)控圖表
2.數(shù)據(jù)比對(duì)、甲基化信息
。比對(duì)結(jié)果、Bisulfite轉(zhuǎn)化率統(tǒng)計(jì)
。覆蓋度以及覆蓋深度統(tǒng)計(jì)
。甲基化修飾位點(diǎn)及水平結(jié)果
3.甲基化修飾特征 .
。甲基化修飾位點(diǎn)和水平的特征及統(tǒng)計(jì)
4.差異甲基化修飾區(qū)域
。差異甲基化修飾區(qū)域(DMR)的鑒定和注釋
5.差異甲基化修飾基因
。差異甲基化修飾基因功能和通路分析
樣本要求
- 樣品類(lèi)型:無(wú)降解,無(wú)污染的DNA樣品;
- 樣品需求量:≥2μg;
- 樣品濃度:≥30 ng/μl;
- 樣品純度:OD260/280=1.8~2.0