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真核轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)

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產(chǎn)品型號

品       牌

廠商性質(zhì)經(jīng)銷商

所  在  地深圳市

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更新時間：2019-11-21 20:03:05瀏覽次數(shù)：1116次

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經(jīng)營模式：經(jīng)銷商

商鋪產(chǎn)品：7條

所在地區(qū)：廣東深圳市

聯(lián)系人：經(jīng)理 （經(jīng)理）

產(chǎn)品簡介

真核轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)是針對真核生物特定組織或細(xì)胞在某個特定時期轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA進(jìn)行測序。既可研究已知基因，亦能發(fā)掘新基因，全面快速地獲得mRNA序列和豐度信息。

詳細(xì)介紹

真核轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)是針對真核生物特定組織或細(xì)胞在某個特定時期轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA進(jìn)行測序。既可研究已知基因，亦能發(fā)掘新基因，全面快速地獲得mRNA序列和豐度信息。可以分為：有參考轉(zhuǎn)錄組和無參考轉(zhuǎn)錄組測序。

真核轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)數(shù)據(jù)解讀分析內(nèi)容

  1. 有參轉(zhuǎn)錄組標(biāo)準(zhǔn)信息分析
    • 對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去除接頭、污染序列及低質(zhì)量reads的處理
    • 測序評估：比對統(tǒng)計、測序隨機性評估、比對上序列在染色體的分布、比對上序列在基因區(qū)域的分布、比對結(jié)果可視化
    • 基因表達(dá)注釋：基因表達(dá)量、表達(dá)量分布、樣品聚類
    • 基因差異表達(dá)分析
    • 差異基因表達(dá)模式聚類分析
    • 差異表達(dá)基因GO功能顯著性富集分析：GO子類統(tǒng)計、GO富集分析、富集GO q值分布
    • 差異表達(dá)基因Pathway顯著性富集分析：KO富集分析、富集KO q值分布、通路結(jié)果注釋
    • 基因的可變剪接分析：可變剪接鑒定、統(tǒng)計、表達(dá)量分析
    • 預(yù)測新轉(zhuǎn)錄本：新轉(zhuǎn)錄本注釋、表達(dá)量統(tǒng)計、差異分析
    • SNP分析
    • 蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析
  2. 無參轉(zhuǎn)錄組標(biāo)準(zhǔn)信息分析
    • 對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去除接頭、污染序列及低質(zhì)量reads的處理
    • 數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計及測序數(shù)據(jù)的堿基含量和質(zhì)量評估
    • 組裝結(jié)果分析：組裝結(jié)果統(tǒng)計及轉(zhuǎn)錄本長度分布
    • 組裝結(jié)果評估：
      • 比對率分析、均一性分析
      • 組裝準(zhǔn)確性評估、組裝結(jié)果注釋比例評估、Reads利用率及嵌合體比例評估、核心蛋白比率評估。
    • 預(yù)測編碼蛋白框（CDS）
    • Unigene功能注釋
    • Unigene的COG分類
    • Unigene的GO分類
    • Unigene代謝通路分析
    • Unigene表達(dá)量分析：Unigene的表達(dá)量估計及其分布統(tǒng)計，實驗樣品的聚類
    • Unigene表達(dá)差異分析
    • 差異表達(dá)的Unigene結(jié)果統(tǒng)計：數(shù)目統(tǒng)計、聚類分析、組間差異表達(dá)的Unigene分布統(tǒng)計
    • 差異表達(dá)的Unigene GO分類和Pathway富集性分析
    • 差異表達(dá)的Unigene功能注釋
    • SNP分析
    • SSR分析與引物設(shè)計。

樣本要求

  1. 樣品類型：完整且無污染的總RNA；
  2. 樣品需求量（單次）：200 ng； 2ug（真菌）
  3. 樣品濃度：≥20ng/μL；≥40ng/μL（真菌）
  4. 樣品純度：28S:18S≥1.0；RIN≥7.0（動物）；RIN≥6.5（植物&真菌）；昆蟲樣品無28S:18S及RIN值要求
  5. 樣品OD值： 260/280≥1；260/230≥1.8；昆蟲和動物樣品無OD值要求


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