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藍(lán)細(xì)菌水華所產(chǎn)生的毒素主要有三種：環(huán)肽、生物堿和脂多糖。微囊藍(lán)細(xì)菌毒素、節(jié)球藍(lán)細(xì)菌毒素為環(huán)肽，魚腥藍(lán)細(xì)菌毒素、石房蛤毒素為生物堿，脂多糖為內(nèi)毒素成分，它們可導(dǎo)致肝臟損害、神經(jīng)損害、胃腸功能紊亂和一系列免疫反應(yīng)。

　　其中微囊藻毒素(rulerocystins)是研究較為深入的一類藍(lán)細(xì)菌毒素，由微囊藍(lán)細(xì)菌屬、魚腥藍(lán)細(xì)菌屬、束絲藍(lán)細(xì)菌屬和念珠藍(lán)細(xì)菌屬中的某些種所產(chǎn)生。微囊藍(lán)細(xì)菌毒素主要存在于活細(xì)胞內(nèi)，當(dāng)藍(lán)細(xì)菌在水華過后大量死亡時(shí)，其所含毒素釋放出來。魚類、水鳥等水生動(dòng)物因飲用含此毒素的水而中毒死亡。對(duì)人類，飲用含此等毒素水體的水后，可引起皮炎、腸胃炎、肝臟損傷、呼吸失調(diào)等癥狀。

　　藍(lán)細(xì)菌的毒素（Cyanobacteria toxicant）給世界各國(guó)造成的經(jīng)濟(jì)損失是巨大的.這種毒素在藍(lán)細(xì)菌內(nèi)逐漸積累,以藍(lán)細(xì)菌水花（Water bloom） 的形式出現(xiàn),當(dāng)干渴牛羊或馬群飲用了這種含有毒素的水.在短時(shí)間內(nèi)便要病倒或成群的死亡.經(jīng)半個(gè)多世紀(jì)的研究表明造成這種生物性災(zāi)害（Biological disaster）的原因是藍(lán)細(xì)菌產(chǎn)生的肽類所致,這種肽是由幾種氨基酸組成,稱為神經(jīng)毒肽或快速致死素（FDF） 或極快致死毒（VFDF）.也有另一類為生物鹼.總之對(duì)水環(huán)境的生物特別是魚類和哺乳類有很大的潛在危害.現(xiàn)在的環(huán)境微生物工作者應(yīng)及時(shí)作出判斷及時(shí)預(yù)報(bào)以免造成損失.