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隨著分子生物學(xué)的發(fā)展，綜上所述。基因診斷技術(shù)的提高，環(huán)境微生物分類鑒定的方法不時出現(xiàn)和完善。分子分類是分子水平上對微生物個體的DNA RNA 和蛋白質(zhì)進(jìn)行研究，并根據(jù)獲得的基因型信息對環(huán)境微生物個體進(jìn)行分類。分子分類的方法彌補了過去常用的激進(jìn)分類方法的分類缺點，對環(huán)境微生物分類研究提供了更詳盡的依據(jù)。目前存在各種方法，都有各自的優(yōu)點，但也存在缺乏，這些方法使環(huán)境微生物分類的水平不時提高，由最初的區(qū)分不同屬、種的環(huán)境微生物發(fā)展到對同種不同株的環(huán)境微生物進(jìn)行區(qū)分。為了更準(zhǔn)確地對環(huán)境微生物進(jìn)行分類鑒定，應(yīng)將不同的方法結(jié)合起來，同時繼續(xù)完善現(xiàn)有的和研究新的方法。

　　Woes等對16SrRNA 等生物大分子研究的結(jié)果。至今，古細(xì)菌的發(fā)現(xiàn)。仍是從進(jìn)化角度研究的最充分的蛋白質(zhì)，已系統(tǒng)研究了40余種生物。而核糖體AT-L30及其他蛋白的氨基酸順序則可能成為放線菌分類的有利工具。研究人員還正在進(jìn)一步尋找更合適的蛋白質(zhì)，分析其氨基酸順序，以獲得更有用、更可靠的信息。

　　一種不需要價格高貴的設(shè)備，操作方便，又能迅速獲得試驗結(jié)果的方法。蛋白質(zhì)圖譜可通過聚丙烯酰胺凝膠電泳(polyacrylamidgelelectrophoresis,蛋白質(zhì)圖譜分析有全細(xì)胞蛋白質(zhì)圖譜分析和特定類群蛋白質(zhì)圖譜分析。PA GE獲得，尤其是用PatrickoFarrel發(fā)展的雙向聚丙烯酰胺凝膠電泳將更為精確。該法是解決疑難種的鑒定等分類學(xué)問題的較為簡便易行的方法。解決什么是種內(nèi)形態(tài)變異和什么是種間性狀交叉問題時成為一個很重要的依據(jù)。近年來，核糖體蛋白圖譜用于放線菌分類已開始受到重視，而可溶性蛋白的電泳圖譜已廣泛用于真菌分類中。此外，Vancanneyt等證明可溶性蛋白的一級電泳圖譜對酵母菌的種內(nèi)及種間分類也很有意義。而同工酶電泳圖譜則可應(yīng)用于種及種下的分類。細(xì)菌細(xì)胞色素的PA GE分析也顯示出分類意義。