酶切擴(kuò)增多態(tài)性序列（C1eaved Amplified Polymorphic Sequences，CAPS）是一類以PCR為基礎(chǔ)的共顯性的分子標(biāo)記，它的基本原理是先用已知位點(diǎn)的DNA序列去設(shè)計(jì)一套特異性的PCR引物（19~27 bp）。然后應(yīng)用這些去擴(kuò)增該位點(diǎn)上的某一DNA片段；接著用一種專一性的限制性內(nèi)切酶切割所得的擴(kuò)增帶并進(jìn)行RFLP分析。

1993年Konieczny和Ausubel首先在擬南芥兩種不同的生態(tài)型Columbia和Landsberg之間發(fā)展出了18套這樣的CAPS標(biāo)記。根據(jù)TAIR（The Arabidopsis Information Resource）公布的信息。在擬南芥中又有53套新的CAPS標(biāo)記被鑒定出來(lái)。CAPS標(biāo)記揭示的是特異PCR片段的限制性長(zhǎng)度變異的信息，特異引物序列來(lái)自基因數(shù)據(jù)庫(kù)、基因組克隆或cDNA克隆以及克隆的RAPD條帶。

CAPS標(biāo)記是特異引物PCR與限制性酶切相結(jié)合而產(chǎn)生的一種DNA標(biāo)記，它實(shí)際上是一些特異引物PCR標(biāo)記（如SCAR和STS）的一種延伸。當(dāng)SCAR或STS的特異擴(kuò)增產(chǎn)物的電泳譜帶不表現(xiàn)多態(tài)性時(shí)，一種補(bǔ)救辦法就是用限制性內(nèi)切酶對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行酶切，然后再通過(guò)瓊脂糖或聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測(cè)其多態(tài)性。用這種方法檢測(cè)到的DNA多態(tài)性就稱為CAPS標(biāo)記。它揭示的是特異PCR產(chǎn)物DNA序列內(nèi)限制性酶切位點(diǎn)變異的信息，也表現(xiàn)為限制性片段長(zhǎng)度的多態(tài)性。

CAPS標(biāo)記在實(shí)際研究中經(jīng)常用到。例如，Williamson等（1994）找到了一個(gè)與抗線蟲(chóng)病基因Mi連鎖的顯性RAPD標(biāo)記REX-1。經(jīng)克隆測(cè)序設(shè)計(jì)出20堿基特異引物，轉(zhuǎn)化為SCAR標(biāo)記。但在所有抗感品系都會(huì)擴(kuò)增出一條同樣大小的帶，無(wú)多態(tài)性表現(xiàn)。后用限制性內(nèi)切酶taqⅠ酶切后，抗感品系間表現(xiàn)了多態(tài)性，并能區(qū)分純合、雜合品系，成為與Mi連鎖的共顯性標(biāo)記。Caranta等（1999）獲得了辣椒中與抗馬鈴薯Y病毒病和辣椒斑駁病毒病的抗病基因Pvy4緊密連鎖的AFLP標(biāo)記，將8個(gè)標(biāo)記中zui靠近的1個(gè)共顯性AFLP標(biāo)記轉(zhuǎn)化成了共顯性的CAPS標(biāo)記。